Søren Michael Karst

  1. 2017
  2. Udgivet
  3. Udgivet
  4. Udgivet
  5. Udgivet
  6. Udgivet

    Read error correction of oxford nanopore reads using molecular tagging. / Kirkegaard, Rasmus Hansen; Karst, Søren Michael; Dueholm, Morten Simonsen; Nielsen, Per Halkjær; Albertsen, Mads.

    2017. Abstract fra American society for microbiology, New Orleans, USA.

    Publikation: ForskningKonferenceabstrakt til konference

  7. Udgivet
  8. Accepteret/In press

    The role of inoculum and reactor configuration for microbial community composition and dynamics in mainstream partial nitritation anammox reactors. / Agrawal, Shelesh; Karst, Søren M.; Gilbert, Eva M.; Horn, Harald; Nielsen, Per H.; Lackner, Susanne.

    I: MicrobiologyOpen, 2017.

    Publikation: Forskning - peer reviewTidsskriftartikel

  9. 2016
  10. Udgivet

    A GAO hiding among the PAO : The role of the Propionivibrio spp. in biological phosphorus removal. / McIlroy, Simon Jon; Albertsen, Mads; Stokholm-Bjerregaard, Mikkel; Karst, Søren Michael; Nielsen, Per Halkjær.

    2016. Poster session præsenteret ved Microbial Ecology & Water Engineering and Biofilm IWA Specialist Conference, Copenhagen, Danmark.

    Publikation: Forskning - peer reviewPoster

  11. Udgivet
  12. Udgivet
  13. Udgivet
  14. Udgivet
  15. Udgivet
  16. Udgivet
  17. Udgivet
  18. Udgivet

    Metagenomics and in situ analyses reveal Propionivibrio spp. to be abundant GAO in biological wastewater treatment systems. / McIlroy, Simon Jon; Albertsen, Mads; Stokholm-Bjerregaard, Mikkel; Karst, Søren Michael; Nielsen, Per Halkjær.

    2016. Poster session præsenteret ved 16th International Symposium on Microbial Ecology, Montreal, Canada.

    Publikation: Forskning - peer reviewPoster

  19. Udgivet

    MiDAS : A curated database for the microorganisms of activated sludge and anaerobic digesters. / McIlroy, Simon Jon; Kirkegaard, Rasmus Hansen; McIlroy, Bianca; Nierychlo, Marta; Kristensen, Jannie Munk; Karst, Søren Michael; Albertsen, Mads; Nielsen, Per Halkjær.

    2016. Poster session præsenteret ved Microbial Ecology & Water Engineering and Biofilm IWA Specialist Conference, Copenhagen, Danmark.

    Publikation: Forskning - peer reviewPoster

  20. Udgivet
  21. Udgivet

    Molecular methods. / Karst, Søren Michael; Albertsen, Mads; Kirkegaard, Rasmus Hansen; Dueholm, Morten Simonsen; Nielsen, Per Halkjær.

    Experimental methods in wastewater treatment. red. / Mark C. M. van Loosdrecht; Per Halkjær Nielsen; Carlos M. Lopez-Vazquez; Damir Brdjanovic. IWA Publishing Company, 2016. s. 285-324.

    Publikation: Forskning - peer reviewBidrag til bog/antologi

  22. Udgivet

    New DNA-based Approaches for the Study of Microbial Communities. / Karst, Søren Michael.

    Aalborg Universitetsforlag, 2016. 37 s.

    Publikation: ForskningPh.d.-afhandling

  23. Udgivet
  24. Udgivet
  25. 2015
  26. Udgivet
  27. Udgivet
  28. Udgivet

    Correlating the microbial community composition of anaerobic digesters to process parameters. / Kirkegaard, Rasmus Hansen; McIlroy, Simon Jon; Larsen, Poul; Karst, Søren Michael; Albertsen, Mads; Nielsen, Per Halkjær.

    2015. Abstract fra 14th World Congress on Anaerobic Digestion, Viña del Mar, .

    Publikation: Forskning - peer reviewKonferenceabstrakt til konference

  29. Udgivet

    Cyanate as energy source for nitrifiers. / Palatinszky, Marton; Herbold, Craig; Jehmlich, Nico; Pogoda, Mario; Han, Ping; von Bergen, Martin; Lagkouvardos, Ilias; Karst, Søren Michael; Galushko, Alexander; Koch, Hanna; Berry, David; Daims, Holger; Wagner, Michael.

    I: Nature, Bind 524, 06.08.2015, s. 105-108.

    Publikation: Forskning - peer reviewLetter

  30. Udgivet
  31. Udgivet
  32. Udgivet
  33. Udgivet

    Survival and activity of individual bioaugmentation strains. / Dueholm, Morten Simonsen; G. Marquesa, Irina; Karst, Søren Michael; D'Imperiob, Seth; Tale, V. P.; Lewis, Derrick; Nielsen, Per Halkjær; Nielsen, Jeppe Lund.

    I: Bioresource Technology, Bind 186, 01.06.2015, s. 192-199.

    Publikation: Forskning - peer reviewTidsskriftartikel

  34. 2014
  35. Udgivet

    Complete Genome Sequence of Actinobaculum schaalii Strain CCUG 27420. / Kristiansen, Rikke; Dueholm, Morten Simonsen; Bank, Steffen; Nielsen, Per Halkjær; Karst, Søren M; Cattoir, Vincent; Lienhard, Reto; Grisold, Andrea J; Olsen, Anne Buchhave; Reinhard, Mark; Søby, Karen Marie; Christensen, Jens Jørgen; Prag, Jørgen; Thomsen, Trine R.

    I: Genome Announcements, Bind 2, Nr. 5, e00880-14, 2014.

    Publikation: ForskningTidsskriftartikel

  36. Udgivet
  37. Udgivet
  38. Udgivet

    Low Temperature Partial Nitritation/Anammox in a Moving Bed Biofilm Reactor treating low strength Wastewater. / Gilbert, Eva; Agrawal, Shelesh; Karst, Søren Michael; Horn, Harald; Nielsen, Per Halkjær; Lackner, Susanne.

    I: Environmental Science & Technology (Washington), Bind 48, Nr. 15, 01.07.2014, s. 8784–8792.

    Publikation: Forskning - peer reviewTidsskriftartikel

  39. Udgivet

    Mixed Culture PHA Production With Alternating Feedstocks : Process Robustness And Population Dynamics. / Oliveira, C.S.S.; Duque, A.F.; Carvalho, Gilda; Gouveia, A.V.; Karst, Søren Michael; Nielsen, Per Halkjær; Reis, M.A.M.

    2014. Poster session præsenteret ved EcoSTP 2014, Verona, Italien.

    Publikation: Forskning - peer reviewPoster

  40. Udgivet
  41. Udgivet
  42. Udgivet

    Obtaining representative community profiles of anaerobic digesters through optimisation of 16S rRNA amplicon sequencing protocols. / Kirkegaard, Rasmus Hansen; McIlroy, Simon Jon; Karst, Søren Michael; Albertsen, Mads; Nielsen, Per Halkjær.

    2014. Poster session præsenteret ved 2nd International Conference on Biogas Microbiology ICBM, Uppsala, Sverige.

    Publikation: Forskning - peer reviewPoster

  43. Udgivet

    Optimisation of 16S rDNA amplicon sequencing protocols for microbial community profiling of anaerobic digesters. / Kirkegaard, Rasmus Hansen; McIlroy, Simon Jon; Larsen, Poul; Karst, Søren Michael; Albertsen, Mads; Nielsen, Per Halkjær.

    2014. Poster session præsenteret ved 15th International Symposium on Microbial Ecology, Seoul, Sydkorea.

    Publikation: Forskning - peer reviewPoster

  44. Udgivet

    Possibilities and obstacles in recovery of genomes from elusive microbes in complex metagenomes. / Karst, Søren Michael; Albertsen, Mads; Nielsen, Jeppe Lund; Nielsen, Kåre Lehmann; Nielsen, Per Halkjær.

    2014. Poster session præsenteret ved 15th International Symposium on Microbial Ecology, Seoul, Sydkorea.

    Publikation: Forskning - peer reviewPoster

  45. Udgivet
  46. Udgivet

    Using Short-Term Enrichments and Metagenomics to Obtain Genomes from uncultured Activated Sludge Microorganisms. / Karst, Søren Michael; Nielsen, Per Halkjær; Albertsen, Mads; Nielsen, Jeppe Lund; Nielsen, Kåre Lehmann.

    2014. Abstract fra Microbial Ecology and Water Engineering 2013, Ann Arbor, Michigan, USA.

    Publikation: Forskning - peer reviewKonferenceabstrakt til konference

  47. 2013
  48. Udgivet

    Back to basics – the influence of DNA extraction and primer choice on phylogenetic analysis in activated sludge communities. / Albertsen, Mads; Karst, Søren Michael; Ziegler, Anja Sloth; Nielsen, Kåre Lehmann; Nielsen, Per Halkjær.

    2013. Poster session præsenteret ved Microbial Ecology and Water Engineering 2013, Ann Arbor, Michigan, USA.

    Publikation: Forskning - peer reviewPoster

  49. Udgivet

    DNA Extraction and Primer Selection. / Karst, Søren Michael; Nielsen, Per Halkjær; Albertsen, Mads; Ziegler, Anja Sloth.

    2013. Abstract fra Microbial Ecology and Water Engineering 2013, Ann Arbor, Michigan, USA.

    Publikation: ForskningKonferenceabstrakt til konference

  50. Udgivet
  51. 2012
  52. Udgivet

    Acquiring Reference Genomes from Uncultured Microbes by Micromanipulation and Low-complexity Metagenomics. / Karst, Søren Michael; Albertsen, Mads; Nielsen, Jeppe Lund; Nielsen, Kåre Lehmann; Nielsen, Per Halkjær.

    2012. Poster session præsenteret ved 14th International Symposium on Microbial Ecology, Copenhagen, Danmark.

    Publikation: Forskning - peer reviewPoster

  53. Udgivet

    Genomic investigation of the lipid accumulating filamentous bacterium Candidatus ‘Microthrix parvicella’. / McIlroy, Simon Jon; Kristiansen, Rikke; Albertsen, Mads; Karst, Søren Michael; Rossetti, Simona; Nielsen, Jeppe Lund; Tandoi, Valter; Seviour, Robert; Nielsen, Per Halkjær.

    2012. Poster session præsenteret ved 14th International Symposium on Microbial Ecology, Copenhagen, Danmark.

    Publikation: ForskningPoster