Søren Michael Karst

  1. 2018
  2. Udgivet

    Functional redundancy ensures performance robustness in 3-stage PHA-producing mixed cultures under variable feed operation. / Carvalho, Gilda; Pedras, Inês; Karst, Søren Michael; S. S. Oliveira, Caterina; F. Duque, Anouk; Nielsen, Per Halkjær; Reis, Maria A. M.

    I: New Biotechnology, Bind 40, Nr. Part B, 25.01.2018, s. 207-217.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  3. Udgivet
  4. Udgivet

    Getting complete genomes from complex samples using nanopore sequencing. / Kirkegaard, Rasmus Hansen; Karst, Søren Michael; Albertsen, Mads.

    2018. Abstract fra London Calling 2018, London, Storbritannien.

    Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftKonferenceabstrakt til konferenceForskning

  5. Udgivet

    Getting complete genomes from complex samples using nanopore sequencing. / Kirkegaard, Rasmus Hansen; Karst, Søren Michael; Albertsen, Mads.

    2018. Poster session præsenteret ved 13th Danish Conference On Biotechnology And Molecular Biology (DCB13), Vejle, Danmark.

    Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskning

  6. Udgivet

    Metagenomes from deep Baltic Sea sediments reveal how past and present environmental conditions determine microbial community composition. / P. G. Marshall, Ian; Karst, Søren Michael; Nielsen, Per Halkjær; Jørgensen, Bo Barker.

    I: Marine Genomics, Bind 37, 2018, s. 58-68.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  7. Udgivet
  8. 2017
  9. Udgivet
  10. Udgivet
  11. Udgivet
  12. Udgivet
  13. Udgivet
  14. Udgivet
  15. Udgivet

    Read error correction of oxford nanopore reads using molecular tagging. / Kirkegaard, Rasmus Hansen; Karst, Søren Michael; Dueholm, Morten Simonsen; Nielsen, Per Halkjær; Albertsen, Mads.

    2017. Abstract fra American society for microbiology, New Orleans, USA.

    Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftKonferenceabstrakt til konferenceForskning

  16. Udgivet
  17. Udgivet

    The role of inoculum and reactor configuration for microbial community composition and dynamics in mainstream partial nitritation anammox reactors. / Agrawal, Shelesh; Karst, Søren M.; Gilbert, Eva M.; Horn, Harald; Nielsen, Per H.; Lackner, Susanne.

    I: MicrobiologyOpen, Bind 6, Nr. 4, e00456, 2017.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  18. Udgivet

    Using nanopore sequencing to get complete genomes from complex samples. / Kirkegaard, Rasmus Hansen; Karst, Søren Michael; Nielsen, Per Halkjær; Albertsen, Mads.

    2017. Poster session præsenteret ved Danish Microbiological Society (DMS) congress 2017, Copenhagen, Danmark.

    Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskning

  19. 2016
  20. Udgivet

    A GAO hiding among the PAO : The role of the Propionivibrio spp. in biological phosphorus removal. / McIlroy, Simon Jon; Albertsen, Mads; Stokholm-Bjerregaard, Mikkel; Karst, Søren Michael; Nielsen, Per Halkjær.

    2016. Poster session præsenteret ved Microbial Ecology & Water Engineering and Biofilm IWA Specialist Conference, Copenhagen, Danmark.

    Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskningpeer review

  21. Udgivet

    A metabolic model for the 0092 morphotype associated with filamentous bulking problems in wastewater treatment plants. / McIlroy, Simon Jon; Karst, Søren Michael; Nierychlo, Marta; Dueholm, Morten Simonsen; Albertsen, Mads; Kirkegaard, Rasmus Hansen; Seviour, Robert; Nielsen, Per Halkjær.

    2016. Poster session præsenteret ved World Water Congress & Exhibition 2016, Brisbane, Australien.

    Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskningpeer review

  22. Udgivet

    A site-specific curated database for the microorganisms of activated sludge and anaerobic digesters. / McIlroy, Simon Jon; Kirkegaard, Rasmus Hansen; McIlroy, Bianca; Nierychlo, Marta; Kristensen, Jannie Munk; Karst, Søren Michael; Albertsen, Mads; Nielsen, Per Halkjær.

    2016. Poster session præsenteret ved 16th International Symposium on Microbial Ecology, Montreal, Canada.

    Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskningpeer review

  23. Udgivet
  24. Udgivet
  25. Udgivet
  26. Udgivet
  27. Udgivet

    Immigration has a large impact on the observed microbial community in anaerobic digesters. / Kirkegaard, Rasmus Hansen; McIlroy, Simon Jon; Kristensen, Jannie Munk; Dueholm, Morten Simonsen; Nierychlo, Marta; Hao, Liping; Karst, Søren Michael; Albertsen, Mads; Nielsen, Per Halkjær.

    2016. Abstract fra 16th International Symposium on Microbial Ecology, Montreal, Canada.

    Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftKonferenceabstrakt til konferenceForskning

  28. Udgivet

    Metagenomics and in situ analyses reveal Propionivibrio spp. to be abundant GAO in biological wastewater treatment systems. / McIlroy, Simon Jon; Albertsen, Mads; Stokholm-Bjerregaard, Mikkel; Karst, Søren Michael; Nielsen, Per Halkjær.

    2016. Poster session præsenteret ved 16th International Symposium on Microbial Ecology, Montreal, Canada.

    Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskningpeer review

  29. Udgivet

    MiDAS : A curated database for the microorganisms of activated sludge and anaerobic digesters. / McIlroy, Simon Jon; Kirkegaard, Rasmus Hansen; McIlroy, Bianca; Nierychlo, Marta; Kristensen, Jannie Munk; Karst, Søren Michael; Albertsen, Mads; Nielsen, Per Halkjær.

    2016. Poster session præsenteret ved Microbial Ecology & Water Engineering and Biofilm IWA Specialist Conference, Copenhagen, Danmark.

    Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskningpeer review

  30. Udgivet

    MiDAS Field Guide – a Comprehensive Online Source of Information About the Microbes of Activated Sludge. / Nierychlo, Marta; McIlroy, Simon Jon; Saunders, Aaron Marc; McIlroy, Bianca; Hansen, Aviaja Anna; Karst, Søren Michael; Nielsen, Jeppe Lund; Nielsen, Per Halkjær.

    2016. Abstract fra 10th annual meeting of Danish Water Forum, Copenhagen, Danmark.

    Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftKonferenceabstrakt til konferenceForskning

  31. Udgivet

    Molecular methods. / Karst, Søren Michael; Albertsen, Mads; Kirkegaard, Rasmus Hansen; Dueholm, Morten Simonsen; Nielsen, Per Halkjær.

    Experimental methods in wastewater treatment. red. / Mark C. M. van Loosdrecht; Per Halkjær Nielsen; Carlos M. Lopez-Vazquez; Damir Brdjanovic. IWA Publishing, 2016. s. 285-324.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport/konference proceedingBidrag til bog/antologiForskningpeer review

  32. Udgivet

    New DNA-based Approaches for the Study of Microbial Communities. / Karst, Søren Michael.

    Aalborg Universitetsforlag, 2016. 37 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandlingForskning

  33. Udgivet

    The microbial community composition of anaerobic digesters is strongly influenced by immigration. / Kirkegaard, Rasmus Hansen; McIlroy, Simon Jon; Kristensen, Jannie Munk; Dueholm, Morten Simonsen; Nierychlo, Marta; Hao, Liping; Karst, Søren Michael; Albertsen, Mads; Nielsen, Per Halkjær.

    2016. Abstract fra Microbial Ecology & Water Engineering and Biofilm IWA Specialist Conference, Copenhagen, Danmark.

    Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftKonferenceabstrakt til konferenceForskning

  34. Udgivet
  35. 2015
  36. Udgivet
  37. Udgivet
  38. Udgivet

    Correlating the microbial community composition of anaerobic digesters to process parameters. / Kirkegaard, Rasmus Hansen; McIlroy, Simon Jon; Larsen, Poul; Karst, Søren Michael; Albertsen, Mads; Nielsen, Per Halkjær.

    2015. Abstract fra 14th World Congress on Anaerobic Digestion, Viña del Mar, .

    Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftKonferenceabstrakt til konferenceForskningpeer review

  39. Udgivet

    Cyanate as energy source for nitrifiers. / Palatinszky, Marton; Herbold, Craig; Jehmlich, Nico; Pogoda, Mario; Han, Ping; von Bergen, Martin; Lagkouvardos, Ilias; Karst, Søren Michael; Galushko, Alexander; Koch, Hanna; Berry, David; Daims, Holger; Wagner, Michael.

    I: Nature, Bind 524, 06.08.2015, s. 105-108.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftLetterForskningpeer review

  40. Udgivet

    Genome based analysis of a novel Chloroflexi in full-scale anaerobic digesters treating waste activated sludge. / McIlroy, Simon Jon; Kirkegaard, Rasmus Hansen; Albertsen, Mads; Dueholm, Morten Simonsen; Karst, Søren Michael; Nielsen, Per Halkjær.

    2015. Abstract fra 14th World Congress on Anaerobic Digestion, Viña del Mar, .

    Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftKonferenceabstrakt til konferenceForskningpeer review

  41. Udgivet
  42. Udgivet
  43. Udgivet

    Survival and activity of individual bioaugmentation strains. / Dueholm, Morten Simonsen; G. Marquesa, Irina; Karst, Søren Michael; D'Imperiob, Seth; Tale, V. P.; Lewis, Derrick; Nielsen, Per Halkjær; Nielsen, Jeppe Lund.

    I: Bioresource Technology, Bind 186, 01.06.2015, s. 192-199.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  44. 2014
  45. Udgivet

    Complete Genome Sequence of Actinobaculum schaalii Strain CCUG 27420. / Kristiansen, Rikke; Dueholm, Morten Simonsen; Bank, Steffen; Nielsen, Per Halkjær; Karst, Søren M; Cattoir, Vincent; Lienhard, Reto; Grisold, Andrea J; Olsen, Anne Buchhave; Reinhard, Mark; Søby, Karen Marie; Christensen, Jens Jørgen; Prag, Jørgen; Thomsen, Trine R.

    I: Genome Announcements, Bind 2, Nr. 5, e00880-14, 2014.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskning

  46. Udgivet
  47. Udgivet

    Kom slamprøver i fryseren. / Nielsen, Per Halkjær; Albertsen, Mads; Karst, Søren Michael; Kirkegaard, Rasmus Hansen; Nierychlo, Marta.

    I: Spildevandsteknisk Tidsskrift, Bind 5-2014, 12.2014, s. 40-40.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelFormidling

  48. Udgivet

    Low Temperature Partial Nitritation/Anammox in a Moving Bed Biofilm Reactor treating low strength Wastewater. / Gilbert, Eva; Agrawal, Shelesh; Karst, Søren Michael; Horn, Harald; Nielsen, Per Halkjær; Lackner, Susanne.

    I: Environmental Science & Technology (Washington), Bind 48, Nr. 15, 01.07.2014, s. 8784–8792.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  49. Udgivet

    Mixed Culture PHA Production With Alternating Feedstocks : Process Robustness And Population Dynamics. / Oliveira, C.S.S.; Duque, A.F.; Carvalho, Gilda; Gouveia, A.V.; Karst, Søren Michael; Nielsen, Per Halkjær; Reis, M.A.M.

    2014. Poster session præsenteret ved EcoSTP 2014, Verona, Italien.

    Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskningpeer review

  50. Udgivet

    Network analysis of the microorganism in 25 Danish wastewater treatment plants over 7 years using high-throughput amplicon sequencing. / Albertsen, Mads; Larsen, Poul; Saunders, Aaron Marc; Karst, Søren Michael; McIlroy, Simon Jon; Nierychlo, Marta; Nielsen, Per Halkjær.

    2014. Abstract fra 15th International Symposium on Microbial Ecology, Seoul, Sydkorea.

    Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftKonferenceabstrakt til konferenceForskningpeer review

  51. Udgivet
  52. Udgivet

    Obtaining representative community profiles of anaerobic digesters through optimisation of 16S rRNA amplicon sequencing protocols. / Kirkegaard, Rasmus Hansen; McIlroy, Simon Jon; Karst, Søren Michael; Albertsen, Mads; Nielsen, Per Halkjær.

    2014. Poster session præsenteret ved 2nd International Conference on Biogas Microbiology ICBM, Uppsala, Sverige.

    Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskningpeer review

  53. Udgivet

    Optimisation of 16S rDNA amplicon sequencing protocols for microbial community profiling of anaerobic digesters. / Kirkegaard, Rasmus Hansen; McIlroy, Simon Jon; Larsen, Poul; Karst, Søren Michael; Albertsen, Mads; Nielsen, Per Halkjær.

    2014. Poster session præsenteret ved 15th International Symposium on Microbial Ecology, Seoul, Sydkorea.

    Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskningpeer review

  54. Udgivet

    Possibilities and obstacles in recovery of genomes from elusive microbes in complex metagenomes. / Karst, Søren Michael; Albertsen, Mads; Nielsen, Jeppe Lund; Nielsen, Kåre Lehmann; Nielsen, Per Halkjær.

    2014. Poster session præsenteret ved 15th International Symposium on Microbial Ecology, Seoul, Sydkorea.

    Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskningpeer review

  55. Udgivet

    Using metagenomics and metatranscriptomics to study specific bacterial species involved in biological phosphorus removal from wastewater. / Albertsen, Mads; McIlroy, Simon Jon; Stokholm-Bjerregaard, Mikkel; Karst, Søren Michael; Nielsen, Per Halkjær.

    2014. Poster session præsenteret ved 15th International Symposium on Microbial Ecology, Seoul, Sydkorea.

    Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskningpeer review

  56. Udgivet

    Using Short-Term Enrichments and Metagenomics to Obtain Genomes from uncultured Activated Sludge Microorganisms. / Karst, Søren Michael; Nielsen, Per Halkjær; Albertsen, Mads; Nielsen, Jeppe Lund; Nielsen, Kåre Lehmann.

    2014. Abstract fra Microbial Ecology and Water Engineering 2013, Ann Arbor, Michigan, USA.

    Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftKonferenceabstrakt til konferenceForskningpeer review

  57. 2013
  58. Udgivet

    Back to basics – the influence of DNA extraction and primer choice on phylogenetic analysis in activated sludge communities. / Albertsen, Mads; Karst, Søren Michael; Ziegler, Anja Sloth; Nielsen, Kåre Lehmann; Nielsen, Per Halkjær.

    2013. Poster session præsenteret ved Microbial Ecology and Water Engineering 2013, Ann Arbor, Michigan, USA.

    Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskningpeer review

  59. Udgivet

    DNA Extraction and Primer Selection. / Karst, Søren Michael; Nielsen, Per Halkjær; Albertsen, Mads; Ziegler, Anja Sloth.

    2013. Abstract fra Microbial Ecology and Water Engineering 2013, Ann Arbor, Michigan, USA.

    Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftKonferenceabstrakt til konferenceForskning

  60. Udgivet

    Metabolic model for the filamentous ‘Candidatus Microthrix parvicella’ based on genomic and metagenomic analyses. / McIlroy, Simon Jon; Kristiansen, Rikke; Albertsen, Mads; Karst, Søren Michael; Rossetti, Simona; Nielsen, Jeppe Lund; Tandoi, Valter; Seviour, Robert James; Nielsen, Per Halkjær.

    I: I S M E Journal, Bind 7, Nr. 6, 2013, s. 1161-1172.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  61. 2012
  62. Udgivet

    Acquiring Reference Genomes from Uncultured Microbes by Micromanipulation and Low-complexity Metagenomics. / Karst, Søren Michael; Albertsen, Mads; Nielsen, Jeppe Lund; Nielsen, Kåre Lehmann; Nielsen, Per Halkjær.

    2012. Poster session præsenteret ved 14th International Symposium on Microbial Ecology, Copenhagen, Danmark.

    Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskningpeer review

  63. Udgivet

    Genomic investigation of the lipid accumulating filamentous bacterium Candidatus ‘Microthrix parvicella’. / McIlroy, Simon Jon; Kristiansen, Rikke; Albertsen, Mads; Karst, Søren Michael; Rossetti, Simona; Nielsen, Jeppe Lund; Tandoi, Valter; Seviour, Robert; Nielsen, Per Halkjær.

    2012. Poster session præsenteret ved 14th International Symposium on Microbial Ecology, Copenhagen, Danmark.

    Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskning