De nye årsregnskaber, som universiteterne har fremlagt, viser, at fem ud af 12 har brugt flere penge, end de har fået ind i 2005. Det fremgår bl.a., at Aalborg Universitet fik et årsresultat på minus 48,6 mio. kr., Handelshøjskolen i Århus fik et lille overskud på 0,6 mio. kr., og IT-Universitetet fik et overskud på 6,8 mio. kr. Formanden for de 12 universitetsrektorer, Jens Oddershede, siger, at universiteterne har været nødsaget til at tære på egen opsparing, fordi der ikke har været muligheder for at investere, og samtidig håber de, at der snart kommer penge fra Globaliseringsrådet. Universiteterne skal i nærmeste fremtid fusionere, og forskningsmidler vil fremover blive givet til de bedste i åben konkurrence. Regeringen har bebudet, at det årlige forskningsbudget vil blive hævet fra 12 til 16 mia. kr. i 2010, men Morten Ry, partner i revisionsfirmaet Deloitte, vurderer, at universiteternes investering på forventet efterbevilling kan være fornuftig, og at det gælder om at komme ud af starthullerne allerede nu.