Projekter pr. år
Personlig profil
Forskningsprofil
Microbial communities underpin all processes in the environment and have a direct impact on all aspects of our ecosystem and health. This is also reflected in the fact that microbes will be instrumental to reach all 17 sustainable development goals set out by the United Nations. Despite their importance, only a tiny fraction of the millions of different microbes is known.
My research group focus on enabling high-throughput investigation of uncultivated microbes in complex environments using DNA sequencing by developing new methods that increase throughput at least 10-fold. Our mission is to populate the tree-of-life with genomes for the benefit of humanity.
Undervisningsprofil
Course responsible for Data Science a 5 ECTS semester course for 4th and 6th-semester students on Biotechnology, Biology and Chemistry.
Teaching on 7th-semester Biotechnology courses Bioinformatics and Genomics and Environmental Microbiology. Furthermore teaching semester groups 15 ETCS on 7th-semester Biotechnology under the theme of molecular methods.
Emneord
- Kemi og Biovidenskab
- Datalogi
- Folkesundhedsvidenskab
Samarbejde i de sidste fem år
-
NanoEat: Exploiting Nanopore sequencing to discover what microbes eat
01/01/2023 → 31/12/2026
Projekter: Projekt › Forskning
-
Microflora Danica: The Microbiome of Denmark
Albertsen, M., Nielsen, P. H., Jensen, T. B. N., Sørensen, E. A., Sereika, M., Dottorini, G., Petriglieri, F., Jørgensen, V. R., Kirkegaard, R. H., Yang, Y., Karst, S. M., Giguere, A. T., Knutsson, S., Singleton, C. M., Dueholm, M. K. D. & Mølvang Dall, S.
01/01/2019 → 31/12/2025
Projekter: Projekt › Forskning
-
DarkScience: Illuminating microbial dark matter through data science
Albertsen, M., Hose, K., Nielsen, T. D. & Heidelbach, S.
01/11/2022 → …
Projekter: Projekt › Forskning
-
SepSeq: Development of Nanopore metagenomic DNA-sequencing for bloodstream infection diagnostics
Albertsen, M., Nielsen, M. E., Krarup, A. P. S. & Nielsen, H. L.
Hartmann Fonden, Harboefonden, Danmarks Frie Forskningsfond, Direktør Jakob Madsens og Hustru Olga Madsens Fond, Torben og Alice Frimodts Fond, Danish E-infrastructure coorperation, Grosserer L.F. Foghts Fond, Beckett-Fonden
01/09/2021 → …
Projekter: Projekt › Forskning
-
Forståelse af smitteveje gennem sekventering og analyse af coronavirus genomer
Poul Due Jensens Fond, Uddannelses- og Forskningsministeriet
01/04/2020 → 31/03/2021
Projekter: Projekt › Forskning
Publikationer
-
Oxford Nanopore R10.4 long-read sequencing enables the generation of near-finished bacterial genomes from pure cultures and metagenomes without short-read or reference polishing
Sereika, M., Kirkegaard, R. H., Karst, S. M., Yssing Michaelsen, T., Sørensen, E. A., Wollenberg, R. D. & Albertsen, M., 4 jul. 2022, I: Nature Methods. 19, 7, s. 823-826 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Formidling
Åben adgangFil73 Citationer (Scopus)28 Downloads (Pure) -
High-accuracy long-read amplicon sequences using unique molecular identifiers with Nanopore or PacBio sequencing
Karst, S. M., Ziels, R. M., Kirkegaard, R. H., Sørensen, E. A., McDonald, D., Zhu, Q., Knight, R. & Albertsen, M., feb. 2021, I: Nature Methods. 18, 2, s. 165-169 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
123 Citationer (Scopus) -
Connecting structure to function with the recovery of over 1000 high-quality metagenome-assembled genomes from activated sludge using long-read sequencing
Singleton, C. M., Petriglieri, F., Kristensen, J. M., Kirkegaard, R. H., Michaelsen, T. Y., Andersen, M. H., Kondrotaite, Z., Karst, S. M., Dueholm, M. S., Nielsen, P. H. & Albertsen, M., 31 mar. 2021, I: Nature Communications. 12, 1, 13 s., 2009.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
Åben adgangFil113 Citationer (Scopus)105 Downloads (Pure) -
Complete nitrification by Nitrospira bacteria
Daims, H., Lebedeva, E. V., Pjevac, P., Han, P., Herbold, C., Albertsen, M., Jehmlich, N., Palatinszky, M., Vierheilig, J., Bulaev, A., Kirkegaard, R. H., von Bergen, M., Rattei, T., Bendinger, B., Nielsen, P. H. & Wagner, M., 24 dec. 2015, I: Nature. 528, 7583, s. 504-509 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
1541 Citationer (Scopus) -
Genome sequences of rare, uncultured bacteria obtained by differential coverage binning of multiple metagenomes
Albertsen, M., Hugenholtz, P., Skarshewski, A., Nielsen, K. L., Tyson, G. W. & Nielsen, P. H., 26 maj 2013, I: Nature Biotechnology. 31, s. 533-538 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
889 Citationer (Scopus)
Forskningsdatasæt
-
Additional file 2 of Introduction and transmission of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7, Alpha variant, in Denmark
Michaelsen, T. Y. (Ophavsperson), Bennedbæk, M. (Ophavsperson), Christiansen, L. E. (Ophavsperson), Jørgensen, M. S. F. (Ophavsperson), Møller, C. H. (Ophavsperson), Sørensen, E. A. (Ophavsperson), Knutsson, S. (Ophavsperson), Brandt, J. (Ophavsperson), Jensen, T. B. N. (Ophavsperson), Chiche-Lapierre, C. (Ophavsperson), Collados, E. F. (Ophavsperson), Sørensen, T. (Ophavsperson), Petersen, C. (Ophavsperson), Le-Quy, V. (Ophavsperson), Sereika, M. (Ophavsperson), Hansen, F. T. (Ophavsperson), Rasmussen, M. (Ophavsperson), Fonager, J. (Ophavsperson), Karst, S. M. (Ophavsperson), Marvig, R. L. (Ophavsperson), Stegger, M. (Ophavsperson), Sieber, R. N. (Ophavsperson), Skov, R. (Ophavsperson), Legarth, R. (Ophavsperson), Krause, T. G. (Ophavsperson), Fomsgaard, A. (Ophavsperson) & Albertsen, M. (Ophavsperson), Figshare, 2022
DOI: 10.6084/m9.figshare.19703921.v1, https://springernature.figshare.com/articles/dataset/Additional_file_2_of_Introduction_and_transmission_of_SARS-CoV-2_lineage_B_1_1_7_Alpha_variant_in_Denmark/19703921/1
Datasæt
-
Introduction and transmission of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7, Alpha variant, in Denmark
Michaelsen, T. Y. (Ophavsperson), Bennedbæk, M. (Ophavsperson), Christiansen, L. E. (Ophavsperson), Jørgensen, M. S. F. (Ophavsperson), Møller, C. H. (Ophavsperson), Sørensen, E. A. (Ophavsperson), Knutsson, S. (Ophavsperson), Brandt, J. (Ophavsperson), Jensen, T. B. N. (Ophavsperson), Chiche-Lapierre, C. (Ophavsperson), Collados, E. F. (Ophavsperson), Sørensen, T. (Ophavsperson), Petersen, C. (Ophavsperson), Le-Quy, V. (Ophavsperson), Sereika, M. (Ophavsperson), Hansen, F. T. (Ophavsperson), Rasmussen, M. (Ophavsperson), Fonager, J. (Ophavsperson), Karst, S. M. (Ophavsperson), Marvig, R. L. (Ophavsperson), Stegger, M. (Ophavsperson), Sieber, R. N. (Ophavsperson), Skov, R. (Ophavsperson), Legarth, R. (Ophavsperson), Krause, T. G. (Ophavsperson), Fomsgaard, A. (Ophavsperson) & Albertsen, M. (Ophavsperson), Figshare, 2022
DOI: 10.6084/m9.figshare.c.5978621, https://springernature.figshare.com/collections/Introduction_and_transmission_of_SARS-CoV-2_lineage_B_1_1_7_Alpha_variant_in_Denmark/5978621
Datasæt
-
Introduction and transmission of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7, Alpha variant, in Denmark
Michaelsen, T. Y. (Ophavsperson), Bennedbæk, M. (Ophavsperson), Christiansen, L. E. (Ophavsperson), Jørgensen, M. S. F. (Ophavsperson), Møller, C. H. (Ophavsperson), Sørensen, E. A. (Ophavsperson), Knutsson, S. (Ophavsperson), Brandt, J. (Ophavsperson), Jensen, T. B. N. (Ophavsperson), Chiche-Lapierre, C. (Ophavsperson), Collados, E. F. (Ophavsperson), Sørensen, T. (Ophavsperson), Petersen, C. (Ophavsperson), Le-Quy, V. (Ophavsperson), Sereika, M. (Ophavsperson), Hansen, F. T. (Ophavsperson), Rasmussen, M. (Ophavsperson), Fonager, J. (Ophavsperson), Karst, S. M. (Ophavsperson), Marvig, R. L. (Ophavsperson), Stegger, M. (Ophavsperson), Sieber, R. N. (Ophavsperson), Skov, R. (Ophavsperson), Legarth, R. (Ophavsperson), Krause, T. G. (Ophavsperson), Fomsgaard, A. (Ophavsperson) & Albertsen, M. (Ophavsperson), Figshare, 2022
DOI: 10.6084/m9.figshare.c.5978621.v1, https://springernature.figshare.com/collections/Introduction_and_transmission_of_SARS-CoV-2_lineage_B_1_1_7_Alpha_variant_in_Denmark/5978621/1
Datasæt
-
Additional file 2 of Introduction and transmission of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7, Alpha variant, in Denmark
Michaelsen, T. Y. (Ophavsperson), Bennedbæk, M. (Ophavsperson), Christiansen, L. E. (Ophavsperson), Jørgensen, M. S. F. (Ophavsperson), Møller, C. H. (Ophavsperson), Sørensen, E. A. (Ophavsperson), Knutsson, S. (Ophavsperson), Brandt, J. (Ophavsperson), Jensen, T. B. N. (Ophavsperson), Chiche-Lapierre, C. (Ophavsperson), Collados, E. F. (Ophavsperson), Sørensen, T. (Ophavsperson), Petersen, C. (Ophavsperson), Le-Quy, V. (Ophavsperson), Sereika, M. (Ophavsperson), Hansen, F. T. (Ophavsperson), Rasmussen, M. (Ophavsperson), Fonager, J. (Ophavsperson), Karst, S. M. (Ophavsperson), Marvig, R. L. (Ophavsperson), Stegger, M. (Ophavsperson), Sieber, R. N. (Ophavsperson), Skov, R. (Ophavsperson), Legarth, R. (Ophavsperson), Krause, T. G. (Ophavsperson), Fomsgaard, A. (Ophavsperson) & Albertsen, M. (Ophavsperson), Figshare, 2022
DOI: 10.6084/m9.figshare.19703921, https://springernature.figshare.com/articles/dataset/Additional_file_2_of_Introduction_and_transmission_of_SARS-CoV-2_lineage_B_1_1_7_Alpha_variant_in_Denmark/19703921
Datasæt
-
Clinical results and microbiota changes after faecal microbiota transplantation for chronic pouchitis: a pilot study
Kousgaard, S. J. (Ophavsperson), Michaelsen, T. Y. (Ophavsperson), Nielsen, H. L. (Ophavsperson), Kirk, K. F. (Ophavsperson), Brandt, J. (Ophavsperson), Albertsen, M. (Ophavsperson) & Thorlacius-Ussing, O. (Ophavsperson), Taylor & Francis, 2020
DOI: 10.6084/m9.figshare.12123111.v1, https://tandf.figshare.com/articles/Clinical_results_and_microbiota_changes_after_faecal_microbiota_transplantation_for_chronic_pouchitis_a_pilot_study/12123111/1
Datasæt
Priser
-
The Fritz Kaufmann Prize, 200.000 DKK
Albertsen, Mads (Modtager), Yssing Michaelsen, Thomas (Modtager), Fomsgaard, Anders (Modtager), Rasmussen, Morten (Modtager), Fonager, Jannik (Modtager) & The Danish Covid-19 Genome Consortium (Modtager), 2021
Pris: Forsknings- uddannelses og innovationspriser
-
The Grundfos Prize, 1.000.000 DKK
Albertsen, Mads (Modtager), 2021
Pris: Forsknings- uddannelses og innovationspriser
-
The Rising Star award by the IWA & ISME societies
Albertsen, Mads (Modtager), 2016
Pris: Forsknings- uddannelses og innovationspriser
-
Research Result of the Year in Denmark, videnskab.dk
Albertsen, Mads (Modtager), Nielsen, Per Halkjær (Modtager) & Kirkegaard, Rasmus Hansen (Modtager), 2015
Pris: Forsknings- uddannelses og innovationspriser
-
The Spar Nord Fond Research Prize, 250.000 DKK
Albertsen, Mads (Modtager), 2015
Pris: Forsknings- uddannelses og innovationspriser
Aktiviteter
-
Co-founder and CEO, DNASense ApS
Mads Albertsen (Stifter)
2014 → 2020Aktivitet: Myndighedsbetjening, konsulentarbejde og øvrig ansættelse › Opstart af egen virksomhed
-
Scientific Advisory Board member SciLifeLab, National Genomics Infrastructure, Sweeden
Mads Albertsen (Konsulent)
2022 → …Aktivitet: Myndighedsbetjening, konsulentarbejde og øvrig ansættelse › Myndighedsbetjening
-
Member of the Danish SARS-CoV-2 variant risk-assessment group
Mads Albertsen (Konsulent)
2021 → …Aktivitet: Myndighedsbetjening, konsulentarbejde og øvrig ansættelse › Myndighedsbetjening
-
Long-read sequencing, in Master of Personalized Medicine
Mads Albertsen (Foredragsholder)
7 dec. 2022Aktivitet: Foredrag og mundtlige bidrag › Undervisning og kursusvirksomhed ved andre universiteter
-
A brief history of SARS-CoV-2 sequencing in Denmark
Mads Albertsen (Oplægsholder)
19 nov. 2022Aktivitet: Foredrag og mundtlige bidrag › Konferenceoplæg
Presse/medier
-
New Tool Unifies 16S, Shotgun Sequencing for Microbiome Study
27/07/2023 → 31/07/2023
18 elementer af Mediedækning
Presse/medie
-
Nyt redskab afgørende for sporingen af resistente bakterier i 25 patienter
13/03/2023
1 element af Mediedækning
Presse/medie
-
Rekordmange forskningsbevillinger til yngre forskere i Danmark fra Det Europæiske Forskningsråd
22/11/2022
1 element af Mediedækning
Presse/medie
-
Nyt projekt vil åbne døren til bakteriernes hemmelige verden
Mads Albertsen, Katja Hose & Thomas Dyhre Nielsen
16/09/2022 → 18/09/2022
4 elementer af Mediedækning
Presse/medie
-
Ingeniøren har været i laboratoriet: Sådan sekventerer man gener fra bakterier, virus og mennesker
Vibeke Rudkjøbing Jørgensen, Mads Albertsen & Søren Heidelbach
31/05/2022
1 element af Mediedækning
Presse/medie
Impacts
-
Overvågning af coronavirussen
Mads Albertsen (Deltager), Emil Aarre Sørensen (Deltager), Thomas Bygh Nymann Jensen (Deltager), Trine Sørensen (Deltager), Celine Petersen (Deltager) & Mantas Sereika (Deltager)
Impact: Livskvalitets impact