Per Halkjær Nielsen

2025

Biokinetic soft-sensing using Thiothrix and Ca. Microthrix bacteria to calibrate secondary settling, aeration and N₂O emission digital twins

Bakos, V., Qiu, Y., Nierychlo, M., Nielsen, P. H. & Plósz, B. G., 1 maj 2025, I: Water Research. 275, 123164.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Diversity and physiology of abundant Rhodoferax species in global wastewater treatment systems

Petersen, J. F., Valk, L. C., Verhoeven, M. D., Nierychlo, M. A., Singleton, C. M., Dueholm, M. K. D. & Nielsen, P. H., jan. 2025, I: Systematic and Applied Microbiology. 48, 1, 126574.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Åben adgang

Fluorescently probing anaerobic digester sludge: Measuring single-cell anabolic activity in methanogens (Methanosarcina and Methanothermobacter) with deuterium-labeled Raman analysis

Fernando, E., Nielsen, P. H. & Nielsen, J. L., 5 feb. 2025, I: Spectrochimica Acta - Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy. 326, 125231.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Microbial extracellular polymeric substances in the environment, technology and medicine

Flemming, H. C., van Hullebusch, E. D., Little, B. J., Neu, T. R., Nielsen, P. H., Seviour, T., Stoodley, P., Wingender, J. & Wuertz, S., feb. 2025, I: Nature Reviews Microbiology. 23, 2, s. 87-105 19 s., 10.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review (oversigtsartikel) › peer review

15 Citationer (Scopus)

Proposal of Patescibacterium danicum gen. nov., sp. nov. in the ubiquitous bacterial phylum Patescibacteriota phyl. nov

Dutkiewicz, Z., Singleton, C. M., Sereika, M., Villada, J. C., Mussig, A. J., Chuvochina, M., Albertsen, M., Schulz, F., Woyke, T., Nielsen, P. H., Hugenholtz, P. & Rinke, C., jan. 2025, I: ISME communications. 5, 1, s. ycae147

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Soil Water Repellency in Natural and Semi-Natural Habitats: A Nexus Between Abiotic Factors and Prokaryotic Communities

Danielsen, A.-C. S., Hermansen, C., Weber, P. L., Mikstas, D., Pesch, C., de Carvalho Gomes, L., Gutierrez, S., Nielsen, P. H., Greve, M. H., Møldrup, P., Normand, S. & de Jonge, L. W., 1 mar. 2025, I: European Journal of Soil Science. 76, 2, e70063.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Åben adgang

2024

A non-methanogenic archaeon within the order Methanocellales

Suzuki, S., Ishii, S., Chadwick, G. L., Tanaka, Y., Kouzuma, A., Watanabe, K., Inagaki, F., Albertsen, M., Nielsen, P. H. & Nealson, K. H., dec. 2024, I: Nature Communications. 15, 1, 14 s., 4858.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Åben adgang

Fil

2 Citationer (Scopus)

Deep learning based simulators for the phosphorus removal process control in wastewater treatment via deep reinforcement learning algorithms

Mohammadi, E., Stokholm-Bjerregaard, M., Hansen, A. A., Nielsen, P. H., Ortiz Arroyo, D. & Durdevic, P., feb. 2024, I: Engineering Applications of Artificial Intelligence. 133, Part A, 107992.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Åben adgang

Fil

6 Citationer (Scopus)

Exploring secrets of biofilm and biopolymer production in an engineered system: Genomic diversity of Zoogloea

Vestergaard, S. Z., Dueholm, M. K. D. & Nielsen, P. H., jun. 2024.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskrift › Poster › Forskning

Åben adgang

Fil

Global abundance patterns, diversity, and ecology of Patescibacteria in wastewater treatment plants

Hu, H., Kristensen, J. M., Herbold, C. W., Pjevac, P., Kitzinger, K., Hausmann, B., Dueholm, M. K. D., Nielsen, P. H. & Wagner, M., 16 mar. 2024, I: Microbiome. 12, 1, 16 s., 55.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Åben adgang

Fil

13 Citationer (Scopus)

Growth of complete ammonia oxidizers on guanidine

Palatinszky, M., Herbold, C. W., J. Sedlacek, C., Pühringer, D., Kitzinger, K., Giguere, A. T., Wasmund, K., Nielsen, P. H., Dueholm, M. K. D., Jehmlich, N., Gruseck, R., Legin, A., Kostan, J., Krasnici, N., Schreiner, C., Palmetzhofer, J., Hofmann, T., Zumstein, M., Djinović-Carugo, K. & Daims, H. & 1 flere, Wagner, M., 19 sep. 2024, I: Nature. 633, s. 646-653 8 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Åben adgang

Fil

2 Citationer (Scopus)

Microbial core communities in activated sludge plants are strongly affected by immigration and geography

Vestergaard, S. Z., Dottorini, G., Peces, M., Murguz, A., Dueholm, M. K. D., Nierychlo, M. & Nielsen, P. H., 29 aug. 2024, I: Environmental Microbiome. 19, 63.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Åben adgang

Fil

1 Citationer (Scopus)

MicrobioRaman: an open-access web repository for microbiological Raman spectroscopy data

Lee, K. S., Landry, Z., Athar, A., Alcolombri, U., Pramoj Na Ayutthaya, P., Berry, D., de Bettignies, P., Cheng, J. X., Csucs, G., Cui, L., Deckert, V., Dieing, T., Dionne, J., Doskocil, O., D’Souza, G., García-Timermans, C., Gierlinger, N., Goda, K., Hatzenpichler, R. & Henshaw, R. J. & 41 flere, Huang, W. E., Iermak, I., Ivleva, N. P., Kneipp, J., Kubryk, P., Küsel, K., Lee, T. K., Lee, S. S., Ma, B., Martínez-Pérez, C., Matousek, P., Meckenstock, R. U., Min, W., Mojzeš, P., Müller, O., Kumar, N., Nielsen, P. H., Notingher, I., Palatinszky, M., Pereira, F. C., Pezzotti, G., Pilat, Z., Plesinger, F., Popp, J., Probst, A. J., Riva, A., Saleh, A. A. E., Samek, O., Sapers, H. M., Schubert, O. T., Stubbusch, A. K. M., Tadesse, L. F., Taylor, G. T., Wagner, M., Wang, J., Yin, H., Yue, Y., Zenobi, R., Zini, J., Sarkans, U. & Stocker, R., maj 2024, I: Nature Microbiology. 9, 5, s. 1152-1156 5 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › peer review

9 Citationer (Scopus)

Microflora Danica: Investigation of the microbiome of Denmark with focus on wastewater and wastewater treatment plants

Vestergaard, S. Z., Dottorini, G., Murguz, A., Nierychlo, M., Jørgensen, V. R. & Nielsen, P. H., jan. 2024, 18th DWF Water Research Conference. s. 29 1 s.

Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport/konference proceeding › Konferenceabstrakt i proceeding › Forskning

Åben adgang

Fil

Microflora Danica: the atlas of Danish environmental microbiomes

The Microflora Danica Consortium, 27 jun. 2024, bioRxiv, 57 s.

Publikation: Working paper/Preprint › Preprint

Åben adgang

Fil

MiDAS 5: Global diversity of bacteria and archaea in anaerobic digesters

Dueholm, M. K. D., Andersen, K. S., Korntved, A. K. C., Rudkjøbing, V., Alves, M., Bajón-Fernández, Y., Batstone, D., Butler, C., Cruz, M. C., Davidsson, Å., Erijman, L., Holliger, C., Koch, K., Kreuzinger, N., Lee, C., Lyberatos, G., Mutnuri, S., O’Flaherty, V., Oleskowicz-Popiel, P. & Pokorna, D. & 9 flere, Rajal, V., Recktenwald, M., Rodríguez, J., Saikaly, P. E., Tooker, N., Vierheilig, J., De Vrieze, J., Wurzbacher, C. & Nielsen, P. H., 25 jun. 2024, I: Nature Communications. 15, 5361.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Åben adgang

Fil

9 Citationer (Scopus)

Nationwide biogeography and immigration in wastewater treatment systems

Vestergaard, S. Z., Dottorini, G., Peces Gomez, M., Murguz, A., Dueholm, M. K. D., Nierychlo, M. & Nielsen, P. H., aug. 2024.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskrift › Poster › Forskning

Recovery of highly contiguous genomes from complex terrestrial habitats reveals over 15,000 novel prokaryotic species and expands characterization of soil and sediment microbial communities

Sereika, M., Mussig, A. J., Jiang, C., Knudsen, K. S., Jensen, T., Petriglieri, F., Yang, Y., Jørgensen, V. R., Delogu, F., Sørensen, E. A., Nielsen, P. H., Singleton, C. M., Hugenholtz, P. & Albertsen, M., 21 dec. 2024, bioRxiv, 21 s.

Publikation: Working paper/Preprint › Preprint

Åben adgang

Rethinking characterization, application, and importance of extracellular polymeric substances in water technologies

Zahra, S. A., Persiani, R., Dueholm, M. K., van Loosdrecht, M., Nielsen, P. H., Seviour, T. W. & Lin, Y., okt. 2024, I: Current Opinion in Biotechnology. 89, 103192.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review (oversigtsartikel) › peer review

Åben adgang

Fil

2 Citationer (Scopus)

The predicted secreted proteome of activated sludge microorganisms indicates distinct nutrient niches

Wasmund, K., Singleton, C., Dahl Dueholm, M. K., Wagner, M. & Nielsen, P. H., okt. 2024, I: mSystems. 9, 10, 22 s., e00301-24.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Åben adgang

Fil

2 Citationer (Scopus)

Uncovering the biogeography and methane sink potential of novel methanotrophs across 10,000 Danish metagenomes

Singleton, C. M., Albertsen, M., Sereika, M., Nielsen, P. H., Jensen, T. B. & Knudsen, K. S., aug. 2024.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskrift › Konferenceabstrakt til konference › Forskning

2023

A comprehensive overview of the Chloroflexota community in wastewater treatment plants worldwide

Petriglieri, F., Kondrotaite, Z., Singleton, C. M., Nierychlo, M. A., Dueholm, M. K. D. & Nielsen, P. H., 21 dec. 2023, I: mSystems. 8, 6, e00667-23.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review (oversigtsartikel) › peer review

Åben adgang

Fil

12 Citationer (Scopus)

31 Downloads (Pure)

Amplicon-guided isolation and cultivation of previously uncultured microbial species from activated sludge

Verhoeven, M., Nielsen, P. H. & Dueholm, M. K. D., 21 dec. 2023, I: Applied and Environmental Microbiology. 89, 12, e01151-23.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Åben adgang

Fil

3 Citationer (Scopus)

21 Downloads (Pure)

Candidate biomarkers of antibiotic resistance for the monitoring of wastewater and the downstream environment

Teixeira, A. M., Vaz-Moreira, I., Calderón-Franco, D., Weissbrodt, D., Purkrtova, S., Gajdos, S., Dottorini, G., Nielsen, P. H., Khalifa, L., Cytryn, E., Bartacek, J. & Manaia, C. M., 1 dec. 2023, I: Water Research. 247, 120761.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Åben adgang

Fil

4 Citationer (Scopus)

12 Downloads (Pure)

Closed genomes uncover a saltwater species of Candidatus Electronema and shed new light on the boundary between marine and freshwater cable bacteria

Sereika, M., Petriglieri, F., Jensen, T. B. N., Sannikov, A., Hoppe, M., Nielsen, P. H., Marshall, I. P. G., Schramm, A. & Albertsen, M., apr. 2023, I: ISME Journal. 17, 4, s. 561-569 9 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Åben adgang

Fil

21 Citationer (Scopus)

70 Downloads (Pure)

CRISPR-Cas phage defense systems and prophages in Candidatus Accumulibacter

Deng, X., Yuan, J., Chen, L., Chen, H., Wei, C., Nielsen, P. H., Wuertz, S. & Qiu, G., 15 maj 2023, I: Water Research. 235, 119906.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

11 Citationer (Scopus)

Enabling detection of ecological patterns in 10.000 samples representing the Danish soil microbiome

Albertsen, M., Nymann, T., Jørgensen, V. R., Sørensen, E. A., Mølvang Dall, S., Karst, S. M., Knutsson, S. & Nielsen, P. H., 18 aug. 2023.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskrift › Poster › Formidling

Fil

117 Downloads (Pure)

Fast DNA-analyses for surveillance of microbial communities in full-scale deammonification tanks: Potential for control and troubleshooting

Andersen, M. H., Thomsen, L., Stokholm-Bjerregaard, M., Eriksen, S., Hansen, S. H., Albertsen, M. & Nielsen, P. H., 1 jun. 2023, I: Water Research. 236, 119919.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Åben adgang

Fil

4 Citationer (Scopus)

21 Downloads (Pure)

Full-scale activated sludge transplantation reveals a highly resilient community structure

Dottorini, G., Wágner, D. S., Stokholm-Bjerregaard, M., Kucheryavskiy, S., Michaelsen, T. Y., Nierychlo, M., Peces, M., Williams, R., Nielsen, P. H., Andersen, K. S. & Nielsen, P. H., 1 feb. 2023, I: Water Research. 229, 119454.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Åben adgang

Fil

8 Citationer (Scopus)

67 Downloads (Pure)

Genetic potential for exopolysaccharide synthesis in activated sludge bacteria uncovered by genome-resolved metagenomics

Dueholm, M. K. D., Besteman, M., Zeuner, E. J., Riisgaard-Jensen, M., Nielsen, M. E., Vestergaard, S. Z., Heidelbach, S., Bekker, N. S. & Nielsen, P. H., feb. 2023, I: Water Research. 229, 119485.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Åben adgang

Fil

32 Citationer (Scopus)

99 Downloads (Pure)

Genomic diversity of Zoogloea: Exploring secrets of biopolymer production in the world of activated sludge

Vestergaard, S. Z., Liu, L., Dueholm, M. K. D. & Nielsen, P. H., okt. 2023.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskrift › Konferenceabstrakt til konference › Forskning

Hydrodynamic disintegration of thickened excess sludge and maize silage to intensify methane production: Energy effect and impact on microbial communities

Garlicka, A., Umiejewska, K., Halkjær Nielsen, P. & Muszyński, A., maj 2023, I: Bioresource Technology. 376, 128829.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Åben adgang

Fil

8 Citationer (Scopus)

3 Downloads (Pure)

Improved description of terrestrial habitat types by including microbial communities as indicators

Danielsen, A.-C. S., Nielsen, P. H., Hermansen, C., Weber, P. L., de Jonge, L. W., Jørgensen, V. R., Greve, M. H., Corcoran, D., Dueholm, M. K. D. & Bruhn, D., 15 okt. 2023, I: Journal of Environmental Management. 344, 118677.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Åben adgang

Fil

4 Citationer (Scopus)

88 Downloads (Pure)

Nation-wide investigation of factors affecting community assembly of 84 Danish municipal wastewater treatment plants

Vestergaard, S. Z., Dottorini, G., Gomez, M. P., Murguz, A., Dueholm, M. K. D., Nierychlo, M. A. & Nielsen, P. H., sep. 2023.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskrift › Konferenceabstrakt til konference › Forskning

Åben adgang

Primary settling changes the microbial community of influent wastewater to wastewater treatment plants

Riisgaard-Jensen, M., Dottorini, G., Nierychlo, M. & Nielsen, P. H., 1 okt. 2023, I: Water Research. 244, 120495.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Åben adgang

Fil

4 Citationer (Scopus)

45 Downloads (Pure)

The biofilm matrix: multitasking in a shared space

Flemming, H.-C., van Hullebusch, E. D., Neu, T. R., Nielsen, P. H., Seviour, T., Stoodley, P., Wingender, J. & Wuertz, S., feb. 2023, I: Nature Reviews Microbiology. 21, 2, s. 70-86 17 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review (oversigtsartikel) › peer review

Åben adgang

Fil

379 Citationer (Scopus)

Toward a Universal Unit for Quantification of Antibiotic Resistance Genes in Environmental Samples

Yin, X., Chen, X., Jiang, X. T., Yang, Y., Li, B., Shum, M. H. H., Lam, T. T. Y., Leung, G. M., Rose, J., Sanchez-Cid, C., Vogel, T. M., Walsh, F., Berendonk, T. U., Midega, J., Uchea, C., Frigon, D., Wright, G. D., Bezuidenhout, C., Picão, R. C. & Ahammad, S. Z. & 26 flere, Nielsen, P. H., Hugenholtz, P., Ashbolt, N. J., Corno, G., Fatta-Kassinos, D., Bürgmann, H., Schmitt, H., Cha, C. J., Pruden, A., Smalla, K., Cytryn, E., Zhang, Y., Yang, M., Zhu, Y. G., Dechesne, A., Smets, B. F., Graham, D. W., Gillings, M. R., Gaze, W. H., Manaia, C. M., van Loosdrecht, M. C. M., Alvarez, P. J. J., Blaser, M. J., Tiedje, J. M., Topp, E. & Zhang, T., 4 jul. 2023, I: Environmental Science and Technology. 57, 26, s. 9713-9721 9 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Åben adgang

Fil

60 Citationer (Scopus)

Uncovering Methane Sink Potential and Habitat Preferences of Methanotrophs in Denmark

Knudsen, K. S., Nymann, T., Sereika, M., Nielsen, P. H., Albertsen, M. & Singleton, C. M., 2023, the Local Pangenome: Abstracts Book. s. 66

Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport/konference proceeding › Konferenceabstrakt i proceeding › Forskning

2022

Anaerobic Digesters at WWTPs: factors affecting stability and community composition revealed by time series analyses

Korntved, A.-K. C., Jiang, C. & Nielsen, P. H., 2022, (Ikke-udgivet).

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskrift › Poster › Forskning

Anaerobic Digesters at WWTPs: factors affecting stability and community composition revealed by time series analyses.

Korntved, A.-K. C., Jiang, C. & Nielsen, P. H., 2022, (Ikke-udgivet).

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskrift › Poster › Forskning

Author Correction: MiDAS 4: A global catalogue of full-length 16S rRNA gene sequences and taxonomy for studies of bacterial communities in wastewater treatment plants (Nature Communications, (2022), 13, 1, (1908), 10.1038/s41467-022-29438-7)

Dueholm, M. K. D., Nierychlo, M., Andersen, K. S., Rudkjøbing, V., Knutsson, S., MiDAS Global Consortium, Albertsen, M. & Nielsen, P. H., 11 jul. 2022, I: Nature Communications. 13, 1, 4017.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning › peer review

Åben adgang

Fil

6 Citationer (Scopus)

44 Downloads (Pure)

Candidatus Accumulibacter: a refined phylogeny reveals the existence of novel species, their potential function, and their global distribution.

Petriglieri, F., Singleton, C. M., Kondrotaite, Z., Dueholm, M. K. D., McDaniel, E. A., McMahon, K. D. & Nielsen, P. H., 15 nov. 2022.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskrift › Poster › Forskning

Comparative analysis of floc characteristics and microbial communities in anoxic and aerobic suspended growth processes

He, H., Carlson, A. L., Nielsen, P. H., Zhou, J. & Daigger, G. T., dec. 2022, I: Water Environment Research. 94, 12, e10822.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Åben adgang

Fil

2 Citationer (Scopus)

38 Downloads (Pure)

Comprehensive characterization of filamentous bacteria from the phylum Chloroflexota in global resource recovery facilities

Petriglieri, F., Kondrotaite, Z., Singleton, C. M., Nierychlo, M. A., Dueholm, M. K. D. & Nielsen, P. H., 2022.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskrift › Poster › Forskning

Diversity and Ecophysiology of the Genus OLB8 and Other Abundant Uncultured Saprospiraceae Genera in Global Wastewater Treatment Systems

Kondrotaite, Z., Valk, L. C., Petriglieri, F., Singleton, C., Nierychlo, M., Dueholm, M. K. D. & Nielsen, P. H., 8 jul. 2022, I: Frontiers in Microbiology. 13, 917553.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Åben adgang

Fil

58 Citationer (Scopus)

162 Downloads (Pure)

Exploring the microbial influence on seasonal nitrous oxide concentration in a full-scale wastewater treatment plant using metagenome assembled genomes

Valk, L. C., Peces, M., Singleton, C. M., Laursen, M. D., Andersen, M. H., Mielczarek, A. T. & Nielsen, P. H., jul. 2022, I: Water Research. 219, 118563.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Åben adgang

Fil

24 Citationer (Scopus)

127 Downloads (Pure)

Full-scale activated sludge transplantation reveals a highly resilient community structure

Dottorini, G., Wágner, D. S., Stokholm-Bjerregaard, M., Kucheryavskiy, S., Nierychlo, M. A., Peces, M., Williams, R. B. H., Nielsen, P. H., Andersen, K. S. & Nielsen, P. H., 2022.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskrift › Poster › Forskning

Per Halkjær Nielsen

Publikationer

Søgeresultater