Detektion og kvantificering af kartoffelcystenematoder fra jordprøver direkte ved DNA sekventering

Beskrivelse

Formål.I dag detekteres og kvantificeres kartoffelcystenematoder (KCN) på baggrund af en kombination af opfor-mering og mikroskopi samt PCR til pathotypebestemmelse. Metoden er dyr og relativ langsom. Vi ønsker at undersøge muligheden for at detektere, kvantificere og pathotypebestemme KCN direkte fra jordprøver-ne ved hjælp af DNA sekventering. Aktiviteter.I et eksisterende KAF projekt (Forebyggelse og bekæmpelse af kartoffelcystenematoder - Lars Bødker) indsamles jordprøver som vil blive analyseret for tilstedeværelsen af kartoffelcystenematoder med de ek-sisterende metoder. I dette projekt foreslås det at udvide dette projekt med dette tillægsprojekt. Det giver god synergi, da der så ikke skal indsamles og analyseres prøver to gange. Dette projekt består af 4 dele: i) Primerdesign. ii) PCR test og optimering. iii) Ekstraktion af DNA fra de indsamlede jordprøver, amplifikation og sekventering. iv) Udvikling af en matematisk prædiktionsalgoritme, som er istand til at bestemme pathotype på baggrund af sekvenserne.Effekt.DNA sekvens baserede analyser direkte på jordprøver har potentiale for at blive billigere, hurtigere og me-re præcis end metoder der er baseret på biologisk opformering og efterfølgende manuel scoring. Hvis pri-sen på sådanne analyser bliver tilstrækkeligt lavt, vil det være muligt i langt højere grad end i dag for pro-ducenter at få foretaget rutineanalyser der direkte kan understøtte beslutninger om sortsvalg og sædskifte ud fra direkte målinger af de relevante marker.
AkronymKCNSEQ
StatusIgangværende
Effektiv start/slut dato01/01/201931/12/2019

Finansiering

  • Kartoffelafgiftsfonden: kr 301.000,00