The Microbiome of Denmark

Albertsen, Mads (PI (principal investigator))
Nielsen, Per Halkjær (PI (principal investigator))
Jensen, Thomas Bygh Nymann (Projektdeltager)
Sørensen, Emil Aarre (Projektdeltager)
Sereika, Mantas (Projektdeltager)
Dottorini, Giulia (Projektdeltager)
Petriglieri, Francesca (Projektdeltager)
Jørgensen, Vibeke Rudkjøbing (Projektdeltager)
Kirkegaard, Rasmus Hansen (Projektdeltager)
Yang, Yu (Projektdeltager)
Karst, Søren Michael (Projektdeltager)
Giguere, Andrew Tyler (Projektdeltager)
Knutsson, Simon (Projektdeltager)
Singleton, Caitlin Margaret (Projektdeltager)
Dueholm, Morten Kam Dahl (Projektdeltager)
Mølvang Dall, Sebastian (Projektdeltager)
Kristensen, Jannie Munk (Projektdeltager)
Delogu, Francesco (Projektdeltager)
Rodriguez Rojas, Miguel (PI (principal investigator))
Kale, Varsha (Projektdeltager)

12 Tidsskriftartikel
9 Poster
2 Konferenceabstrakt til konference
2 Ph.d.-afhandling
Mere

28 resultater

2025
Genome-resolved long-read sequencing expands known microbial diversity across terrestrial habitats
Sereika, M., Mussig, A. J., Jiang, C., Knudsen, K. S., Jensen, T. B. N., Petriglieri, F., Yang, Y., Jørgensen, V. R., Delogu, F., Sørensen, E. A., Nielsen, P. H., Singleton, C. M., Hugenholtz, P. & Albertsen, M., aug. 2025, I: Nature Microbiology. 10, 8, s. 2018-2030 13 s.
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Åben adgang
Fil
20 Link åbnes på en ny fane Citationer (Scopus)

27 Downloads (Pure)
Joint Additive Gaussian Processes for Microbial Species Distribution Modeling
Heede, T., Celikkanat, A., Delogu, F., Masegosa, A., Albertsen, M. & Nielsen, T. D., maj 2025, 13th Workshop on Uncertainty Processing. Studený, M., Capotorti, N. A. A., Csirmaz, L., Jiroušek, R., Kleiter, G. D. & Shenoy, P. P. (red.). MatfyzPress, s. 128-139 12 s.
Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport/konference proceeding › Konferenceartikel i proceeding › Forskning

Åben adgang
Proposal of Patescibacterium danicum gen. nov., sp. nov. in the ubiquitous bacterial phylum Patescibacteriota phyl. nov
Dutkiewicz, Z., Singleton, C. M., Sereika, M., Villada, J. C., Mussig, A. J., Chuvochina, M., Albertsen, M., Schulz, F., Woyke, T., Nielsen, P. H., Hugenholtz, P. & Rinke, C., jan. 2025, I: ISME communications. 5, 1, 11 s., ycae147.
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Åben adgang
Fil
10 Link åbnes på en ny fane Citationer (Scopus)

18 Downloads (Pure)
2024
Greengenes2 unifies microbial data in a single reference tree
McDonald, D., Jiang, Y., Balaban, M., Cantrell, K., Zhu, Q., Gonzalez, A., Morton, J. T., Nicolaou, G., Parks, D. H., Karst, S. M., Albertsen, M., Hugenholtz, P., DeSantis, T., Song, S. J., Bartko, A., Havulinna, A. S., Jousilahti, P., Cheng, S., Inouye, M. & Niiranen, T. & 5 flere, Jain, M., Salomaa, V., Lahti, L., Mirarab, S. & Knight, R., maj 2024, I: Nature Biotechnology. 42, s. 715–718 4 s.
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Åben adgang
Fil
461 Link åbnes på en ny fane Citationer (Scopus)

85 Downloads (Pure)
HIGH-THROUGHPUT DISENTANGLEMENT OF ENVIRONMENTAL MICROBIOMES: The Writing of Microflora Danica – The Microbiome of Denmark
Jensen, T. B., 2024, Aalborg University Open Publishing. 326 s.
Publikation: Ph.d.-afhandling

Åben adgang
Fil

278 Downloads (Pure)
High-throughput DNA extraction and cost-effective miniaturized metagenome and amplicon library preparation of soil samples for DNA sequencing
Jensen, T. B. N., Dall, S. M., Knutsson, S., Karst, S. M. & Albertsen, M., apr. 2024, I: PLOS ONE. 19, 4, e0301446.
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Åben adgang
Fil
8 Link åbnes på en ny fane Citationer (Scopus)

279 Downloads (Pure)
Microbial core communities in activated sludge plants are strongly affected by immigration and geography
Vestergaard, S. Z., Dottorini, G., Peces, M., Murguz, A., Dueholm, M. K. D., Nierychlo, M. & Nielsen, P. H., 29 aug. 2024, I: Environmental Microbiome. 19, 63.
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Åben adgang
Fil
10 Link åbnes på en ny fane Citationer (Scopus)

105 Downloads (Pure)
Recovery of novel microbial genomes
Sereika, M., 2024, Aalborg University Open Publishing. 176 s.
Publikation: Ph.d.-afhandling

Åben adgang
Fil

441 Downloads (Pure)
Uncovering the biogeography and methane sink potential of novel methanotrophs across 10,000 Danish metagenomes
Singleton, C. M., Albertsen, M., Sereika, M., Nielsen, P. H., Jensen, T. B. & Knudsen, K. S., aug. 2024.
Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskrift › Konferenceabstrakt til konference › Forskning
2023
Closed genomes uncover a saltwater species of Candidatus Electronema and shed new light on the boundary between marine and freshwater cable bacteria
Sereika, M., Petriglieri, F., Jensen, T. B. N., Sannikov, A., Hoppe, M., Nielsen, P. H., Marshall, I. P. G., Schramm, A. & Albertsen, M., apr. 2023, I: ISME Journal. 17, 4, s. 561-569 9 s.
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Åben adgang
Fil
37 Link åbnes på en ny fane Citationer (Scopus)

140 Downloads (Pure)
Enabling detection of ecological patterns in 10.000 samples representing the Danish soil microbiome
Albertsen, M., Nymann, T., Jørgensen, V. R., Sørensen, E. A., Mølvang Dall, S., Karst, S. M., Knutsson, S. & Nielsen, P. H., 18 aug. 2023.
Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskrift › Poster › Formidling

Fil
167 Downloads (Pure)
Improved description of terrestrial habitat types by including microbial communities as indicators
Danielsen, A.-C. S., Nielsen, P. H., Hermansen, C., Weber, P. L., de Jonge, L. W., Jørgensen, V. R., Greve, M. H., Corcoran, D., Dueholm, M. K. D. & Bruhn, D., 15 okt. 2023, I: Journal of Environmental Management. 344, 118677.
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Åben adgang
Fil
6 Link åbnes på en ny fane Citationer (Scopus)

169 Downloads (Pure)
Long-read metagenomics paves the way toward a complete microbial tree of life
Albertsen, M., jan. 2023, I: Nature Methods. 20, 1, s. 30-31 2 s.
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning › peer review

27 Link åbnes på en ny fane Citationer (Scopus)
Uncovering Methane Sink Potential and Habitat Preferences of Methanotrophs in Denmark
Knudsen, K. S., Nymann, T., Sereika, M., Nielsen, P. H., Albertsen, M. & Singleton, C. M., 2023, the Local Pangenome: Abstracts Book. s. 66
Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport/konference proceeding › Konferenceabstrakt i proceeding › Forskning
2022
Metagenomic binning with assembly graph embeddings
Lamurias, A., Sereika, M., Albertsen, M., Hose, K. & Nielsen, T. D., okt. 2022, I: Bioinformatics. 38, 19, s. 4481-4487 7 s.
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Åben adgang
Fil
45 Link åbnes på en ny fane Citationer (Scopus)

301 Downloads (Pure)
Microflora Danica - The Microbiome of Denmark
Nymann, T., Sørensen, E. A., Sereika, M., Jørgensen, V. R., Mølvang Dall, S., Knutsson, S., Petriglieri, F., Dottorini, G., Singleton, C. M., Karst, S. M., Dueholm, M. K. D., Nielsen, P. H. & Albertsen, M., 14 nov. 2022, s. P52.
Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskrift › Poster › Forskning
Microflora Danica - The Microbiome of Denmark
Albertsen, M., Jørgensen, V. R., Nymann, T., Sørensen, E. A., Sereika, M., Mølvang Dall, S., Knutsson, S., Petriglieri, F., Dottorini, G., Singleton, C. M., Karst, S. M., Dueholm, M. K. D. & Nielsen, P. H., 14 aug. 2022.
Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskrift › Poster › Forskning › peer review
Microflora Danica – the Microbiome of Denmark, including the inter-connecting water ways
Nymann, T., Sørensen, E. A., Sereika, M., Petriglieri, F., Dottorini, G., Vestergaard, S. Z., Jørgensen, V. R., Albertsen, M. & Nielsen, P. H., 14 nov. 2022.
Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskrift › Poster › Forskning
Microflora Danica – the Microbiome of Denmark, including the inter-connecting water ways
Nymann, T., Sørensen, E. A., Sereika, M., Petriglieri, F., Dottorini, G., Vestergaard, S. Z., Jørgensen, V. R., Albertsen, M. & Nielsen, P. H., sep. 2022.
Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskrift › Poster › Forskning
Oxford Nanopore R10.4 long-read sequencing enables the generation of near-finished bacterial genomes from pure cultures and metagenomes without short-read or reference polishing
Sereika, M., Kirkegaard, R. H., Karst, S. M., Yssing Michaelsen, T., Sørensen, E. A., Wollenberg, R. D. & Albertsen, M., 4 jul. 2022, I: Nature Methods. 19, 7, s. 823-826 4 s.
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Formidling

Åben adgang
Fil
334 Link åbnes på en ny fane Citationer (Scopus)

246 Downloads (Pure)
Recovery of circular and high quality cable bacteria genomes from complex microbial communities
Sereika, M., Petriglieri, F., Nymann, T., P. G. Marshall, I., Schramm, A., Nielsen, P. H. & Albertsen, M., 16 aug. 2022.
Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskrift › Poster › Formidling

Åben adgang
Fil

166 Downloads (Pure)
Standardized multi-omics of Earth’s microbiomes reveals microbial and metabolite diversity
Shaffer, J. P., Nothias, L. F., Thompson, L. R., Sanders, J. G., Salido, R. A., Couvillion, S. P., Brejnrod, A. D., Lejzerowicz, F., Haiminen, N., Lutz, H. L., Zhu, Q., Martino, C., Morton, J. T., Karthikeyan, S., Nothias-Esposito, M., Dührkop, K., Böcker, S., Kim, H. W., Aksenov, A. A. & Bittremieux, W. & 31 flere, Minich, J. J., Marotz, C., Bryant, M. K. M., Sanders, K., Schwartz, T., Humphrey, G., Vásquez-Baeza, Y., Tripathi, A., Parida, L., Carrieri, A. P., Beck, K. L., Das, P., González, A., McDonald, D., Ladau, J., Karst, S. M., Albertsen, M., Ackermann, G., DeReus, J., Thomas, T., Petras, D., Shade, A., Stegen, J., Song, S. J., Metz, T. O., Swafford, A. D., Dorrestein, P. C., Jansson, J. K., Gilbert, J. A., Knight, R. & the Earth Microbiome Project 500 (EMP500) Consortium, dec. 2022, I: Nature Microbiology. 7, 12, s. 2128-2150 23 s.
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Åben adgang
Fil
140 Link åbnes på en ny fane Citationer (Scopus)

201 Downloads (Pure)
Temporal and geographical impact of microbial immigration in wastewater treatment plants
Dottorini, G., Yssing Michaelsen, T., Kucheryavskiy, S., Peces, M., Nierychlo, M. A., Murguz, A., Dueholm, M. K. D. & Nielsen, P. H., 2022.
Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskrift › Konferenceabstrakt til konference › Forskning
2021
Assessing Illumina, Nanopore and PacBio sequencing platforms at recovering high quality genomes from complex microbial communities
Sereika, M., Kirkegaard, R. H., Sørensen, E. A., Karst, S. M., Yssing Michaelsen, T. & Albertsen, M., 15 nov. 2021.
Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskrift › Poster › Formidling

Åben adgang
Fil
126 Downloads (Pure)
Connecting structure to function with the recovery of over 1000 high-quality metagenome-assembled genomes from activated sludge using long-read sequencing
Singleton, C. M., Petriglieri, F., Kristensen, J. M., Kirkegaard, R. H., Michaelsen, T. Y., Andersen, M. H., Kondrotaite, Z., Karst, S. M., Dueholm, M. S., Nielsen, P. H. & Albertsen, M., 31 mar. 2021, I: Nature Communications. 12, 1, 13 s., 2009.
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Åben adgang
Fil
254 Link åbnes på en ny fane Citationer (Scopus)

352 Downloads (Pure)
High-accuracy long-read amplicon sequences using unique molecular identifiers with Nanopore or PacBio sequencing
Karst, S. M., Ziels, R. M., Kirkegaard, R. H., Sørensen, E. A., McDonald, D., Zhu, Q., Knight, R. & Albertsen, M., feb. 2021, I: Nature Methods. 18, 2, s. 165-169 5 s.
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
285 Link åbnes på en ny fane Citationer (Scopus)
Microflora Danica: Single primer enrichment of bacterial rRNA genes
Sørensen, E. A., Nymann, T., Sereika, M., Karst, S. M., Nielsen, P. H. & Albertsen, M., 2021.
Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskrift › Poster › Formidling
MICROFLORA DANICA – The Microbiome of Denmark
Nymann, T., Sørensen, E. A., Sereika, M., Jørgensen, V. R., Knutsson, S., Yssing Michaelsen, T., Karst, S. M., Nielsen, P. H. & Albertsen, M., 15 nov. 2021.
Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskrift › Poster › Formidling

The Microbiome of Denmark

Publikation

Søgeresultater

2025

2024

2023

2022

2021