The Microbiome of Denmark

Publikation

Publikationer pr. år 2021 2021 2022 2023

• 9 Poster
• 7 Tidsskriftartikel
• 1 Konferenceabstrakt til konference
• 1 Kommentar/debat

Publikationer pr. år

Publikationer pr. år

Søgeresultater

• 2023

  Greengenes2 unifies microbial data in a single reference tree

  McDonald, D., Jiang, Y., Balaban, M., Cantrell, K., Zhu, Q., Gonzalez, A., Morton, J. T., Nicolaou, G., Parks, D. H., Karst, S. M., Albertsen, M., Hugenholtz, P., DeSantis, T., Song, S. J., Bartko, A., Havulinna, A. S., Jousilahti, P., Cheng, S., Inouye, M., Niiranen, T., & 5 flereJain, M., Salomaa, V., Lahti, L., Mirarab, S. & Knight, R., 27 jul. 2023, (E-pub ahead of print) I: Nature Biotechnology.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  • Ribosomal RNA 100%
  • Metagenomics 66%
  • Polymerase Chain Reaction 33%
  18 Citationer (Scopus)

• Improved description of terrestrial habitat types by including microbial communities as indicators

  Danielsen, A-C. S., Nielsen, P. H., Hermansen, C., Weber, P. L., de Jonge, L. W., Jørgensen, V. R., Greve, M. H., Corcoran, D., Dueholm, M. K. D. & Bruhn, D., 15 okt. 2023, I: Journal of Environmental Management. 344, 118677.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil

  • Habitat Type 100%
  • Description 100%
  • Variation 66%
  • Vegetation 66%
  • Bacterium 55%
  43 Downloads (Pure)
• 2022

  Metagenomic binning with assembly graph embeddings

  Lamurias, A., Sereika, M., Albertsen, M., Hose, K. & Nielsen, T. D., okt. 2022, I: Bioinformatics. 38, 19, s. 4481-4487 7 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil

  • Learning 100%
  • Metagenomics 100%
  • Contig 100%
  • Microbial Genome 33%
  • Sequencing 25%
  11 Citationer (Scopus)

  87 Downloads (Pure)

• Oxford Nanopore R10.4 long-read sequencing enables the generation of near-finished bacterial genomes from pure cultures and metagenomes without short-read or reference polishing

  Sereika, M., Kirkegaard, R. H., Karst, S. M., Yssing Michaelsen, T., Sørensen, E. A., Wollenberg, R. D. & Albertsen, M., 4 jul. 2022, I: Nature Methods. 19, 7, s. 823-826 4 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Formidling

  Åben adgang

  Fil

  • Sequencing 100%
  • Indel 33%
  • Genome Sequencing 33%
  109 Citationer (Scopus)

  56 Downloads (Pure)

• Standardized multi-omics of Earth’s microbiomes reveals microbial and metabolite diversity

  Shaffer, J. P., Nothias, L. F., Thompson, L. R., Sanders, J. G., Salido, R. A., Couvillion, S. P., Brejnrod, A. D., Lejzerowicz, F., Haiminen, N., Lutz, H. L., Zhu, Q., Martino, C., Morton, J. T., Karthikeyan, S., Nothias-Esposito, M., Dührkop, K., Böcker, S., Kim, H. W., Aksenov, A. A., Bittremieux, W., & 31 flereMinich, J. J., Marotz, C., Bryant, M. K. M., Sanders, K., Schwartz, T., Humphrey, G., Vásquez-Baeza, Y., Tripathi, A., Parida, L., Carrieri, A. P., Beck, K. L., Das, P., González, A., McDonald, D., Ladau, J., Karst, S. M., Albertsen, M., Ackermann, G., DeReus, J., Thomas, T., Petras, D., Shade, A., Stegen, J., Song, S. J., Metz, T. O., Swafford, A. D., Dorrestein, P. C., Jansson, J. K., Gilbert, J. A., Knight, R. & the Earth Microbiome Project 500 (EMP500) Consortium, dec. 2022, I: Nature Microbiology. 7, 12, s. 2128-2150 23 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil

  • Microbiome 100%
  • Multi-Omics 100%
  • Metagenomics 33%
  • Liquid Chromatography Tandem Mass Spectrometry 16%
  • Gas Chromatography Mass Spectrometry 16%
  34 Citationer (Scopus)

  23 Downloads (Pure)
• 2021

  Connecting structure to function with the recovery of over 1000 high-quality metagenome-assembled genomes from activated sludge using long-read sequencing

  Singleton, C. M., Petriglieri, F., Kristensen, J. M., Kirkegaard, R. H., Michaelsen, T. Y., Andersen, M. H., Kondrotaite, Z., Karst, S. M., Dueholm, M. S., Nielsen, P. H. & Albertsen, M., 31 mar. 2021, I: Nature Communications. 12, 1, 13 s., 2009.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  Åben adgang

  Fil

  • Amplicon Sequencing 100%
  • Lineages 50%
  132 Citationer (Scopus)

  138 Downloads (Pure)

• High-accuracy long-read amplicon sequences using unique molecular identifiers with Nanopore or PacBio sequencing

  Karst, S. M., Ziels, R. M., Kirkegaard, R. H., Sørensen, E. A., McDonald, D., Zhu, Q., Knight, R. & Albertsen, M., feb. 2021, I: Nature Methods. 18, 2, s. 165-169 5 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • Sequencing 100%
  • Amplicon Sequencing 66%
  • Operon 33%
  • Ribosomal RNA 33%
  • Molecule 33%
  146 Citationer (Scopus)