Introduction and transmission of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7, Alpha variant, in Denmark

Thomas Y. Michaelsen, Marc Bennedbæk, Lasse E. Christiansen, Mia S.F. Jørgensen, Camilla H. Møller, Emil A. Sørensen, Simon Knutsson, Jakob Brandt, Thomas B.N. Jensen, Clarisse Chiche-Lapierre, Emilio F. Collados, Trine Sørensen, Celine Petersen, Vang Le-Quy, Mantas Sereika, Frederik T. Hansen, Morten Rasmussen, Jannik Fonager, Søren M. Karst, Rasmus L. MarvigMarc Stegger, Raphael N. Sieber, Robert Skov, Rebecca Legarth, Tyra G. Krause, Anders Fomsgaard, The Danish COVID-19 Genome Consortium (DCGC), Kasper S. Andersen (Medlem af forfattergruppering), Martin H. Andersen (Medlem af forfattergruppering), Amalie Berg (Medlem af forfattergruppering), Susanne R. Bielidt (Medlem af forfattergruppering), Sebastian M. Dall (Medlem af forfattergruppering), Erika Dvarionaite (Medlem af forfattergruppering), Susan H. Hansen (Medlem af forfattergruppering), Vibeke R. Jørgensen (Medlem af forfattergruppering), Rasmus H. Kirkegaard (Medlem af forfattergruppering), Wagma Saei (Medlem af forfattergruppering), Trine B. Nicolajsen (Medlem af forfattergruppering), Stine K. Østergaard (Medlem af forfattergruppering), Rasmus F. Brøndum (Medlem af forfattergruppering), Martin Bøgsted (Medlem af forfattergruppering), Katja Hose (Medlem af forfattergruppering), Tomer Sagi (Medlem af forfattergruppering), Miroslaw Pakanec (Medlem af forfattergruppering), David Fuglsang-Damgaard (Medlem af forfattergruppering), Mette Mølvadgaard (Medlem af forfattergruppering), Henrik Krarup (Medlem af forfattergruppering), Christina W. Svarrer (Medlem af forfattergruppering), Mette T. Christiansen (Medlem af forfattergruppering), Anna C. Ingham (Medlem af forfattergruppering), Thor B. Johannesen (Medlem af forfattergruppering), Martín Basterrechea (Medlem af forfattergruppering), Berit Lilje (Medlem af forfattergruppering), Kirsten Ellegaard (Medlem af forfattergruppering), Povilas Matusevicius (Medlem af forfattergruppering), Lars B. Christoffersen (Medlem af forfattergruppering), Man Hung E. Tang (Medlem af forfattergruppering), Kim L. Ng (Medlem af forfattergruppering), Sofie M. Edslev (Medlem af forfattergruppering), Sharmin Baig (Medlem af forfattergruppering), Ole H. Larsen (Medlem af forfattergruppering), Kristian A. Skipper (Medlem af forfattergruppering), Søren Vang (Medlem af forfattergruppering), Kurt J. Handberg (Medlem af forfattergruppering), Marc T.K. Nielsen (Medlem af forfattergruppering), Carl M. Kobel (Medlem af forfattergruppering), Camilla Andersen (Medlem af forfattergruppering), Irene H. Tarpgaard (Medlem af forfattergruppering), Svend Ellermann-Eriksen (Medlem af forfattergruppering), José A.S. Castruita (Medlem af forfattergruppering), Uffe V. Schneider (Medlem af forfattergruppering), Nana G. Jacobsen (Medlem af forfattergruppering), Christian Andersen (Medlem af forfattergruppering), Martin S. Pedersen (Medlem af forfattergruppering), Kristian Schønning (Medlem af forfattergruppering), Nikolai Kirkby (Medlem af forfattergruppering), Lene Nielsen (Medlem af forfattergruppering), Line L. Nilsson (Medlem af forfattergruppering), Martin B. Friis (Medlem af forfattergruppering), Thomas Sundelin (Medlem af forfattergruppering), Thomas A. Hansen (Medlem af forfattergruppering), Marianne N. Skov (Medlem af forfattergruppering), Thomas V. Sydenham (Medlem af forfattergruppering), Xiaohui C. Nielsen (Medlem af forfattergruppering), Christian H. Schouw (Medlem af forfattergruppering), Anders Jensen (Medlem af forfattergruppering), Ea S. Marmolin (Medlem af forfattergruppering), John E. Coia (Medlem af forfattergruppering), Dorte T. Andersen (Medlem af forfattergruppering), Mads Albertsen*

*Kontaktforfatter

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

7 Citationer (Scopus)
27 Downloads (Pure)

Abstract

Background: In early 2021, the SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 (Alpha variant) became dominant across large parts of the world. In Denmark, comprehensive and real-time test, contact-tracing, and sequencing efforts were applied to sustain epidemic control. Here, we use these data to investigate the transmissibility, introduction, and onward transmission of B.1.1.7 in Denmark. Methods: We analyzed a comprehensive set of 60,178 SARS-CoV-2 genomes generated from high-throughput sequencing by the Danish COVID-19 Genome Consortium, representing 34% of all positive cases in the period 14 November 2020 to 7 February 2021. We calculated the transmissibility of B.1.1.7 relative to other lineages using Poisson regression. Including all 1976 high-quality B.1.1.7 genomes collected in the study period, we constructed a time-scaled phylogeny, which was coupled with detailed travel history and register data to outline the introduction and onward transmission of B.1.1.7 in Denmark. Results: In a period with unchanged restrictions, we estimated an increased B.1.1.7 transmissibility of 58% (95% CI: [56%, 60%]) relative to other lineages. Epidemiological and phylogenetic analyses revealed that 37% of B.1.1.7 cases were related to the initial introduction in November 2020. The relative number of cases directly linked to introductions varied between 10 and 50% throughout the study period. Conclusions: Our findings corroborate early estimates of increased transmissibility of B.1.1.7. Both substantial early expansion when B.1.1.7 was still unmonitored and continuous foreign introductions contributed considerably to case numbers. Finally, our study highlights the benefit of balanced travel restrictions and self-isolation procedures coupled with comprehensive surveillance efforts, to sustain epidemic control in the face of emerging variants.

OriginalsprogEngelsk
Artikelnummer47
TidsskriftGenome Medicine
Vol/bind14
Udgave nummer1
ISSN1756-994X
DOI
StatusUdgivet - 4 maj 2022

Bibliografisk note

© 2022. The Author(s).

Fingeraftryk

Dyk ned i forskningsemnerne om 'Introduction and transmission of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7, Alpha variant, in Denmark'. Sammen danner de et unikt fingeraftryk.

Citationsformater