Association of inner membrane protein fragments in vitro and in vivo

Den biofysiske forståelse af membranproteiner halter langt bagefter de vandopløselige ditto. Der er dog stigende forståelse for den betydning som vekselvirkninger mellem individuelle transmembrane helicer udgør for membranproteiners stabilitet   [1-3] . Formodentlig er disse interaktioner de allervigtigste i dannelsen af proteinets tertiære struktur i membranen. Der findes forskellige metoder til at måle sådanne vekselvirkninger på helix-helix niveau, f.eks. fluorescens-mærkning af hver helix, SDS-PAGE band shift assays eller analytisk ultracentrifugering. Vi er interesseret i at overføre denne proces til vekselvirkninger mellem helix-par, med membranproteinet DsbB som modelprotein.     in vitro   Projektet går ud på at fremstille konstrukter hvor forskellige udgaver af Green Fluorescent Protein, nemlig Yellow Fluorescent Protein (YFP) og Cyan Fluorescent Protein (CFP) er koblet til den C-terminale ende af hver sit DsbB fragment (hhv. aa 1-70 og aa 65-176). Hvis YFP og CFP kommer i passende nærhed af hinanden i kraft af fragmenternes dimerisering, vil der opstå Förster Resonance Energy Transfer (FRET), som kan måles med simpelt fluorescens udstyr. Fordelen ved denne fremgangsmåde er at det kan måles både og .     in vivo in vitro   Søren Mølgaard