Project Details

Description

Formålet med den første del af projektet har været at generere DNA sekvens data så den genetiske struktur af modelpopulationen Maspot på ca. 1000 individer kan kortlægges fuldstændigt. Det vil give vigtig ny viden, som vil komme dansk kartoffelforædling direkte til nytte, da denne population er fænotypet for en række vigtige agronomiske træk. Ved at kortlægge den underliggende genetik fuldstændig kan vi få mere detaljeret indblik i hvordan generne påvirker trækkene. Samtidig muliggør kendskab til den fulde sekvens af alle forældre frembringelsen af PCR baserede genetiske markører, som direkte kan anvendes som selekti-onsmarkører i forædlingen. Projektet er dog ikke færdigt endnu.
Genomsekventeringen var plantlagt til at ske med to sekventeringsteknologier: den veletablerede short-read BGI-Seq og en nyere (og væsentligt dyrere) long-read PacBio sekventering. Begge sekventeringer blev ind-købt hos en kommerciel udbyder af sekventeringsservice (BGI). Metoderne har forskellige fordele, men hvor der ikke er tilstrækkelig information i hver af metoderne for sig, til at samle sekvensstumperne til kromosom modeller for kartofler, så forbedrer kombinationen af de to muligheder muligheden for dette - i hvert fald i teorien.
Desværre konstaterede vi under et testforløb, at kvaliteten af de lange PacBio reads ikke var tilstrækkelig til væsentligt at forøge kvaliteten af genom-modellerne over den billigere short-read teknologi alene. Derfor gav det ikke mening at sekventere resten af forældrene med den eksisterende teknologi. Vi har derfor ven-tet på, at en upgradering af sekvensteknologiplatformen til Hifi-PacBio er kommet på plads, så vi kan sekventere de resterende forældre.
Short titleMaspotSeq
StatusFinished
Effective start/end date01/01/202331/12/2023

UN Sustainable Development Goals

In 2015, UN member states agreed to 17 global Sustainable Development Goals (SDGs) to end poverty, protect the planet and ensure prosperity for all. This project contributes towards the following SDG(s):

  • SDG 2 - Zero Hunger
  • SDG 12 - Responsible Consumption and Production
  • SDG 15 - Life on Land