Menneskerettighedsorganisationer, NGO'er og internationale medier har de seneste år rapporteret om dybt kritisable forhold i Libyens migrantsystem, hvor voldtægt, tortur, menneskehandel og afpresning forekommer. Danmark er med til at opretholde systemet gennem et bidrag på mere end 200 millioner kroner. Den største finansielle opbakning kommer imidlertid fra EU-Kommissionens Emergency Trust Fund for Africa. Ifølge migrationsforsker ved Aalborg Universitet Martin Lemberg-Petersen er samarbejdet med Libyen en vigtig alliance for EU, da rejsen mod Europa fra den libyske hovedstad Tripoli generelt har været en af de mest populære migrantruter fra Afrika mod Europa.